[2] En 1968, Stubbe se licenció en química por la Universidad de Pensilvania[3] y trabajó como estudiante en el laboratorio del profesor Edward R.
Después, Stubbe dio clases en el Williams College (1972-1977) y descubrió que no quería enseñar, sino investigar.
Al darse cuenta, se fue a la Universidad de Brandeis (1975-1977),[4] donde hizo un segundo postdoctorado con Bob Abeles.
Al parecer, Stubbe tenía una cama en su despacho, ya que trabajaba las veinticuatro horas del día en sus experimentos.
En sus primeros trabajos en Yale y luego en la Universidad de Wisconsin, Stubbe descubrió cómo las enzimas llamadas ribonucleótidos reductasas utilizan la química de los radicales libres para convertir los nucleótidos en desoxinucleótidos, un proceso esencial en la reparación y replicación del ADN.
[4] Stubbe, en colaboración con John Kozarich, también dilucidó la estructura y función de la bleomicina, un antibiótico que se utiliza habitualmente para tratar el cáncer.
También amplió sus investigaciones sobre los polihidroxibutiratos, una clase de polímeros biodegradables que pueden ser sintetizados por bacterias en determinadas condiciones y luego convertidos en plásticos.