Ha investigado las torres cálidas, los huracanes, los vientos alisios, las interacciones aire-mar, y ayudó a desarrollar la Misión de Medición de Lluvias tropicales (TRMM).
En 1958, Malkus colaboró con Herbert Riehl y calculó la energía estática húmeda media y cómo variaba verticalmente a través de la atmósfera.
Observaron que a altitudes de hasta aproximadamente 750 hPa la energía estática húmeda disminuía con la altura.
Por encima de 750 hPa, la energía estática húmeda aumentaba con la altura, lo que no se había observado ni explicado antes.
Llamaron a estas nubes "chimeneas sin diluir", pero más tarde se las denominaría comúnmente torres cálidas.