Por entonces empieza a investigar en bibliotecas andaluzas para una gran obra bibliográfica sobre la historia de la medicina española.
Se mudó a Madrid con su mujer, seis hijos, sus padres y una hermana.
Hasta 1794 se pasa trabajando en la obra y pidiendo dinero para libros; pero en 1795 se ve implicado en la Conspiración de San Blas, es denunciado por uno de sus amigos y pasa catorce meses en prisión y cuatro en destierro de la Corte.
Sin embargo en 1802 publica los dos volúmenes de su gran obra Epidemiología española..., aunque la Inquisición mantuvo algunas acusaciones contra determinados párrafos.
Para esta obra utilizó fundamentalmente historiadores locales españoles, las magnas obras bibliográficas de Nicolás Antonio y, como ha desvelado Vicente Peset Llorca, las Bibliothecae de Albrecht von Haller.