Sin pasar por la universidad, Joe Christopher llegó a los Pittsburgh Pirates en 1959, donde tuvo un rol de suplente de los titulares Bob Skinner (izquierdo), Bill Virdon (central) y Roberto Clemente (derecho).
Debido a la lesión de Clemente tuvo su debut en la MLB en la derrota por 0-1 ante los Milwaukee Brewers en el partido en el que el lanzador Harvey Haddix tiró juego perfecto por 12 entradas, que perdió en la 13.º entrada el 26 de mayo de 1959.
Formó parte del equipo de los Pirates que ganó la Serie Mundial de 1960 ante los New York Yankees, principalmente como un jugador de banca en donde usualmente entraba a los partidos como corredor emergente en tres partidos y anotó dos carreras.
Al finalizar la temporada de 1965 los Mets cambiaron a Joe Christopher a los Boston Red Sox por Ed Bressoud.
Christopher también jugó béisbol invernal en República Dominicana, México y Puerto Rico.