Joey vive con su hermana Bessie quien está embarazada y trabaja en el “Ice House”, restaurante familiar de los Potter.
Al final de la temporada Dawson y Joey confrontan sus sentimientos una vez más y finalmente el la besa por primera vez en su habitación a la luz de la luna terminando así el capítulo.
Durante una luna llena, Jack McPhee, el chico nuevo, la besa, de lo cual Dawson se entera en un baile escolar y termina golpeándolo.
Al principio el cambio no es fácil, pero se las arreglan para curar las heridas y ella vuelve con Dawson.
en realidad está enamorado de Morgan pero aún no se da cuenta, similar a lo ocurrido entre ella y Dawson tiempo atrás.
Al principio ella se niega a la idea de ver a Pacey como otra cosa que no sea un amigo, pero se da cuenta de que en realidad también siente algo por él y comienzan una relación secreta.
Joey rompe con Pacey para tratar de arreglar las cosas con Dawson y recuperar su amistad.
Joey se encuentra impaciente por enmendar las cosas con Dawson, quien aún está herido por todo lo ocurrido.
En un viaje a esquiar con toda su clase, Joey y Pacey hacen el amor por primera vez.
Culpando a Joey por todas sus fallas, Pacey la humilla y rompe con ella en su baile de graduación.
Al final de la temporada, mientras Dawson se prepara para dejar Capeside y partir a Los Ángeles, en una escena que nos recuerda el final de la primera temporada, Dawson y Joey se besan en su habitación.
Joey estudia literatura en la clase del popular profesor David Wilder, con quien comienza a salir.
Habiendo pasado por una pérdida similar, Joey piensa que puede ayudar a Dawson con el duelo de su padre.
Joey acude al funeral de Mitch, pero Dawson la rechaza cuando intenta ayudarlo a lidiar con sus emociones.
Joey se une a la banda Aggressive Mediocrity, como vocalista junto al infiel exnovio de Jen, Charlie Todd.
Al final de la temporada Joey regresa a Capeside, y Dawson le confiesa que desea estar con ella.
Después de no hablar por todo el verano, ella y Dawson se encuentran en Hell's Kitchen, un bar local.
Ambos comparten el amor por escribir y la literatura y parecen la pareja perfecta, pero resulta que el no es oficialmente un estudiante en Worthington, ya que su familia no tenía los recursos para entrar ahí.
Tras quedar atrapados una noche en una tienda departamental, Pacey le confiesa a Joey que nunca dejó de amarla.