Jofré tuvo varios hermanos el primogénito Garci Jofré de Loaisa, Alfonso Jufré, Eva y Violante; el mayor fue un miembro notable de la Corte castellana como Copero mayor y Adelantado mayor del reino de Murcia.
Como segundón fue educado para la carrera eclesiástica y alcanzó el grado de maestro.
Jofré no obtuvo confirmación, la Curia romana se negaba y el papa Nicolás III expidió una bula en favor del portugués en 1278; este pleito duró casi quince años y mientras llegaba la solución Jofré fue a Viterbo y a Roma puesto que en mayo de 1280 el nuevo arzobispo Gonzalo Pétrez (García Gudiel) había ido allí, para intentar resolver el problema.
Un acuerdo económico con Gil Martínez a cambio de su renuncia puso fin a la disputa, pero exigía tanta compensación que el pleito duró aún más de diez años.
La titularidad se falló a favor del maestre Jofré de Loaisa, pero el acuerdo económico sólo terminó cuando el papa Nicolás IV encargó al cardenal diácono de San Adriano, Napoleón Orsini un arbitraje aceptado por los dos candidatos, que resolvió el pago a Gil Martínez de 800 libras tornesas en tres plazos a lo largo de un año; esta sentencia se sitúa entre 1290 y 1292.