Stein nació en Grave, Países Bajos, y pasó su juventud en Maastricht.
Su tesis doctoral versó sobre el método de Horrebow para determinar la latitud.
[1] Doctorado en 1901, por entonces ya había empezado a enseñar física y matemáticas en el Colegio de St.
Willebrord de Katwijk, siendo ordenado sacerdote en Maastricht en 1903.
Entre 1906 y 1910 sirvió como ayudante en el Observatorio Vaticano, siendo destinado a continuación a la Universidad de San Ignacio en Ámsterdam, donde enseñó matemáticas y ciencias durante los veinte años siguientes.