Johann Ernst Fabri nació en la Oleśnica, Silesia, en 1776.
Comenzó sus estudios en teología en la Universidad de Halle, pero pronto su interés giró hacia la Geografía y la Historia.
Más tarde, trabajó como profesor asociado en la Universidad de Gotinga, donde fue influenciado por distinguidos académicos como Johann Christoph Gatterer, August Ludwig von Schlözer o Johann Friedrich Blumenbach.
Durante gran parte de su carrera, Fabri no recibió sueldo fijo por su trabajo.
Solo en 1815 comenzó a recibir un estipendio fijo.