En la primavera de 1806, la editorial Stein envió al establecimiento de venta de Stage, Augsburgo, un panfleto (presumiblemente escrito por Philipp Christian Yelin en Ansbach) titulado Deutschland in seiner tiefen Erniedrigung ("Alemania en su profunda humillación"), que atacaba con fuerza al emperador Napoleón Bonaparte y el comportamiento de las tropas francesas en Baviera.
Al enterarse del violento ataque retórico a su régimen y no poder descubrir al autor real, Napoleón mandó arrestar a Palm para entregarlo a una comisión militar en Braunau, en la frontera entre Austria y Baviera, con instrucciones perentorias de juzgar al prisionero y ejecutarlo en veinticuatro horas.
Se negó a Palm el derecho a defenderse de sus acusaciones, y tras una farsa de juicio el 25 de agosto del mismo año, fue fusilado al día siguiente sin haber revelado el nombre del autor del panfleto.
Al causar esto un gran revuelo, admitió que Bonaparte era un tirano y un enemigo de su país: "¡Pero señores!
Johann Philipp Palm es mencionado brevemente en Mi lucha, la autobiografía de Adolf Hitler, en la primera página del libro.