En 1633, William Laud fue nombrado Arzobispo de Canterbury, y como otras numerosas figuras puritanas no conformistas, Cotton pasó a ser escrutado con severidad.
El mismo año, Cotton, su familia y unos cuantos seguidores locales se embarcaron hacia la colonia de la bahía de Massachusetts.
Cotton es muy conocido entre otras cosas por su inicial defensa de Anne Hutchinson ya desde sus primeros viajes durante la crisis antinomia, durante la que ella le mencionó con respeto, aunque con el paso del tiempo él se opuso a ella.
El legado literario de Cotton incluye su correspondencia, un catecismo, numerosos sermones y el código legal teonómico titulado An Abstract of the laws of New England as they are now established.
[1] Este código legal provee las bases para el sistema legal del clérigo John Davenport para la colonia de New Haven, y fue uno de los textos utilizados para redactar el The Body of Liberties de Massachusetts.