Con una buena reputación entre la sociedad protestante y conexiones con gente como William Cecil, parecía tener una carrera exitosa asegurada.
Sin embargo, la reina María I accedió al trono en 1553 y el clima religioso del país cambió.
Durante años se creyó que a la ascensión de María, Day escapó al continente para evitar la persecución.
No obstante, la erudita Elizabeth Evenden demostró que el impresor estableció un local clandestino en Lincolnshire, en un lugar que pertenecía a Cecil, y continuó la impresión de trabajos protestantes polémicos bajo el nombre de Michael Wood.
Con la ascensión de Isabel I al trono en 1558, comenzó a producir trabajos más distinguidos.
Con la ayuda de sus contactos, había podido conseguir patentes lucrativas para imprimir Metrical Psalms, ABCs y English Catechism.
Según la tradición, Foxe, quien revisó y agregó material al libro, vivía en ese tiempo en el negocio de Day, durante la producción del libro; es cierto que al menos lo visitaba una vez por semana.
Day invirtió mucho tiempo y dinero en esta obra, convirtiendo dicho proyecto en el más grande de su tipo emprendido en Inglaterra hasta entonces.
Esta edición recibió reconocimiento oficial en 1571 cuando se dispuso que toda catedral y hogar de cualquier miembro del clero debería tener una copia.
En su impresora está escrito el lema "Arise for it is Day", que constituye un recuerdo en su nombre, así como también una alusión a la nueva era de la reforma religiosa.