Es conocido por ser miembro de They Might Be Giants junto a John Linnell y anteriormente miembro de Mono Puff.
Flansburgh se casó con la cantante y escritora Robin Goldwasser.
Su padre, Earl Flansburgh, fue retirado del arquitecto y exdirector de su propia empresa.
Su madre, Polly Flansburgh, es la fundadora y presidenta de Boston By Foot.
Su hermano, Paxus Calta (nacido Earl Schuyler Flansburgh), es un activista antinuclear y organizador político.