En las islas Canarias se le conocía como Juan Achines o Aquines, debido a la castellanización del nombre.
Hawkins y Drake no sacaron beneficios de ese viaje, pero sí desarrollaron hacia los españoles una animadversión tal, que esta marcaría las relaciones bilaterales durante varias décadas.
Finalmente, en 1595 durante la guerra anglo-española Hawkins se embarcó, junto a Francis Drake, en una expedición contra los asentamientos españoles en el Caribe, con el objetivo de tomar Panamá y desde allí arrebatar a España el control de las rutas comerciales entre Europa y América.
La expedición resultó desastrosa para los ingleses, siendo derrotados en sucesivas ocasiones por fuerzas españolas muy inferiores y perdiendo la vida tanto Hawkins como Drake.
John Hawkins contrajo matrimonio con Katharine Gonson, de la que tuvo un hijo único.