Schäberle nació en Württemberg, Alemania, pero en 1854 inmigró a los Estados Unidos siendo todavía un niño.
[1] Muchas fuentes se refieren a él como John M. Schaeberle, pero entre su familia y amigos era conocido como Martin.
Durante este período se interesó por la astronomía, por lo que decidió continuar sus estudios en el instituto.
Diseñó la "cámara Schaeberle" para tomar imágenes del Sol y su corona durante los eclipses solares totales.
Dimitió del Observatorio Lick cuando James Edward Keeler fue elegido director en vez de él en 1898, a pesar del hecho de que había estado actuando como director desde el año anterior.