Volvió al fútbol colombiano para jugar con el Deportivo Pereira y luego jugó en el Deportivo Bello de la segunda división del fútbol colombiano.
A los seis meses renuncia por falta de pago y tan solo un mes después es fichado por el Deportivo Cali que adquirió los derechos federativos y económicos del jugador.
En el 2011-2 Jugó para Atlético Nacional donde, por bajo rendimiento, se quedó sin cupo dentro de la titular para la campaña de 2012, migrando así al Club Deportivo Atlético Huila.
[1] Jonathan volvería al Atlético Nacional después de rechazar una oferta del Atlético Junior, debutando el Martes 5 de agosto contra Itagüí F.C.
En Nacional jugó un semestre y de allí probó su suerte en el equipo capitalino La Equidad donde, después de su paso fallido, el jugador paisa recaló nuevamente en su club de origen Envigado F. C. donde a pesar de ser titular, no caló exitosamente en el equipo naranja buscando nuevos rumbos en el.