Jonathan nació en Northampton, Massachusetts, en los actuales Estados Unidos de América.
Después de servir como pastor en Colebrook, Connecticut, durante los años 1795 - 1799, viajó hasta Schenectady, en Nueva York.
Aunque no fue tan brillante y conocido como su padre, su fama se basa principalmente en una respuesta a Charles Chauncy acerca de la salvación para todos los hombres.
Fue criado en la comunidad de Stockbridge, Massachusetts, donde los mohicanos eran la mayoría, y aprendió a hablar con fluidez su lengua.
Edwards trabajó en clasificar algunos idiomas del nuevo mundo, acompañado y ayudado por William Jones.