En su palmarés se encuentran 2 títulos de Costa Rica con Alajuelense.
McDonald entró de cambio al minuto 72' por Roy Ramírez y el marcador terminó empatado a un gol.
[4] En el año 2005 fichó para el Club Sport Herediano donde participó en 41 partidos anotando 17 goles, en julio de 2010 fue declarado transferible y en agosto del mismo año fichó para Vancouver Whitecaps FC de la United Soccer League First Division.
En el Apertura 2017 empató a Errol Daniels (con 12 anotaciones) como máximo goleador en el Clásico del fútbol costarricense para L.D.
[7] En el 2018 Jonathan McDonald llega a los 111 goles con Alajuelense e iguala la marca de Alejandro Morera Soto.