El 13-1-05 el Córdoba anunció que ha llegado a un acuerdo con el Dundee escocés para fichar al defensa Jonay Hernández, llegará por lo que resta de campaña con opción a otra más y se convierte así en el octavo refuerzo del Córdoba durante el mercado de invierno.
Sin embargo, el futbolista podría ver algunos minutos en el mediocampo, según indica el documento emitido por el equipo ibérico.
El traspaso venía siendo manejado desde hace varios días por la prensa española, ante la necesidad que tenía el club rojillo de sumar efectivos.
El 1-4-2007 debutó en la jornada 30 contra el Pajara PJ jugando los 90 minutos y recibiendo una tarjeta amarilla con resultado de 0-0.
En un entrenamiento con su nuevo club el Pontevedra durante la pretemporada, Jonay Hernández vio como en una acción en solitario se rompía el ligamento externo del tobillo del pie derecho, lo que le obligó a pasar por el quirófano el 14 de agosto y se estima que en dos o tres meses pueda estar otra vez en condiciones de jugar al fútbol.
El 21-10-07 ya estaba recuperándose para volver a los terrenos de juego y el 14-11-07 disputó su primer partido con el Pontevedra FC saliendo de titular contra el Zaragoza FC en la Copa del Rey disputando los 90 minutos haciendo un buen partido.