Jordan Lotomba llegó al FC Lausanne-Sport procedente del Yverdon-Sport FC a través del centro nacional de preformación de Payerne.
Estuvo involucrado en la promoción del club valdense en la Superliga durante la temporada 2015-2016.
El 24 de julio de 2016 debutó en la Superliga Raiffeisen contra el Grasshopper Club Zúrich, saliendo desde el inicio, pero fue sustituido en el minuto 67 por Benjamin Kololli (derrotado por 2-0 en el Estadio Letzigrund).
Tras 25 partidos en su primera temporada en la primera división, se incorporó al BSC Young Boys para los siguientes cuatro años.
En el partido de vuelta, cuando el BSC Young Boys ganaba por 1-0 en el Stade de Suisse, pero tenía que marcar al menos un gol más para clasificarse, Lotomba entró en el minuto 85 sustituyendo a Djibril Sow y marcó el 2-0, eliminando a los ucranianos de la competición.