Rápidamente tuvo que regresar a Portugal por la muerte de su padre Antonio.
La disputa siguió con la renuncia de Ataíde a la Santa Sede, obligado por el monarca.
Durante su gestión en este cargo organizó las finanzas y reorganizó la hacienda.
Así, en 1600 se le ofreció el puesto de Inquisidor general de Portugal a Ataí; sin embargo, este lo rechazó al no venir junto con el prometido capelo cardenalicio.
En 1602 presentó su renuncia al consejo de estado y regresó a Portugal en 1603.