Viajó hacia Las Californias al año siguiente, 1804, y allí realizó su labor religiosa en las siguientes misiones: En 1806, el padre Sánchez acompañó como capellán a una expedición militar contra los indígenas de California.
La mayor parte del grupo se quedó en San Gabriel mientras Jedediah Smith se desplazó a San Diego para presentarse ante el "Jefe Político" (gobernador) mexicano José María Echeandía.
Era un misionero pío y muy activo, pero rechazaba los cargos de autoridad.
[cita requerida] Sus incesantes peticiones de relevo fueron atendidas al final, pero solo sobrevivió dos años.
Se ha dicho que la perspectiva de la inevitable ruina aceleró su muerte.