En ella impulsó una notable actividad cultural, con la creación y dirección de escuelas técnicas (Náutica, Dibujo y Bellas Artes, etc.) que suplían la ausencia de universidad en Barcelona.
[3] En 1808 fue nombrado diputado de la Junta Suprema de Cataluña y posteriormente, ese mismo año, vocal de la Junta Suprema Central y Gubernativa del Reino en representación del Principado.
Durante esta etapa su estado de salud empezó a deteriorarse y solicitó la exoneración, petición que fue rechazada.
[3] Se mantuvo en la Junta hasta su disolución, en enero de 1810, cuando regresó a Cataluña.
La labor de la Junta, y de José Francisco Ferrer de Llupiá en particular, fue muy discutida;[2] según el historiador Maties Ramisa:[5] Finalizada la guerra inició un largo proceso para recuperar y restaurar su patrimonio, aunque poco después sufrió un nuevo revés, ya que durante el Trienio Liberal su título y sus privilegios jurisdiccionales fueron anulados, y sus bienes expropiados y subastados.