José Francisco Mora se formó en las categorías inferiores del CD Castellón debutando con el primer equipo en Segunda División B en la temporada 2000/01.
En verano de 2004 es fichado por el FC Barcelona para jugar en su equipo filial[3] Tras una temporada en las filas del FC Barcelona B y tras el ascenso a Segunda División del CD Castellón vuelve al equipo de la Plana.
[4] En las cuatro temporadas que lleva jugando en Segunda División se ha asentado en la categoría y forma una pareja defensiva muy segura con su compañero Ángel Dealbert, esta temporada 2008/09 cumplió 100 partidos en Segunda División ante el Alicante CF el 15 de febrero de 2009.
En la temporada 2014/15, Mora firma con el CD Eldense de Segunda División B, donde disputó 23 partidos y anotó 3 goles.
Finalmente, no renovó con la entidad alicantina, y en verano del 2015, estuvo ejercitándose con el CF Borriol de la Tercera División de España club que preside golfista Sergio García Fernández, club, donde finalmente firmaría.