[1][2] Sus padres eran José Aguilera Belmonte minero de profesión y María Petra Serrano Aragón, tuvieron 24 hijos de los cuales José fue el más pequeño.
Fue el colegio en Mapimí, donde se destacó por su capacidad, curiosidad, poder de observación e inteligencia, por lo que sus padres lo enviaron a continuar sus estudios a Durango.
Allí inicialmente concurre al seminario Conciliar del Estado de Durango (Instituto Juárez), y luego al Colegio Civil del seminario.
En 1885 se casa con Lillie Gouville en Nueva Orleans, Estados Unidos.
A su regreso a México junto con Antonio del Castillo, elaboran la primera “Carta Geográfica de la República Mexicana", además crea la Comisión Geográfica, que posteriormente convierte en el Instituto Geológico siendo su director.