Apresado por los sublevados, fue fusilado pocos días después.
En su primer mandato racionalizó las comunicaciones provinciales, diseñando las primeras carreteras a la Sierra y mejoró el funcionamiento del Hospital Provincial.
El 18 de julio de 1936, intentó resistir junto a otros, entre los que se encontraban el alcalde Manuel Sánchez-Badajoz y los diputados socialistas Vicente Martín Romera y Manuel Castro Molina, en la propia sede del Gobierno Civil.
Sin embargo, los sublevados pudieron reducir con relativa facilidad su resistencia, siendo detenido.
El médico encargado de certificar las muertes después de los fusilamientos era amigo personal, por lo que le propuso un plan para huir a Madrid, pero Guerra se negó alegando que no había hecho nada malo para tener que huir de la legalidad.