En este periodo fue también consejero de BBVA Bancomer (México), Citic Bank (China) y de CIFH (Hong Kong).
Abandonó la entidad en 2009 acogiéndose a una jubilación anticipada a los 55 años, con una pensión anual de tres millones de euros.
Es, además, impulsor de Garum Fundatio y Presidente del Consejo Asesor del Instituto Americano de Investigación Benjamin Franklin.
Bajo su dirección, Bankia recuperó la solvencia y volvió a generar beneficios, destacando su iniciativa en la devolución de las "cláusulas suelo" y en su empeño por devolver lo antes posible las ayudas del Estado recibidas por Bankia.
Tras esta fusión, Goirigolzarri dejó sus cargos anteriores y se convirtió en el presidente ejecutivo de la nueva entidad.