Además, los federalistas tabasqueños no cesaban en su empeño por recuperar el gobierno, por lo que se registraron innumerables levantamientos militares durante este tiempo, los que desembocaron en 1839 en una cruenta guerra civil en el estado.
Al grito de "Federación o muerte" se inicia en Tabasco la llamada Revolución federalista, encabezada por los hermanos Fernando Nicolás, Pánfilo, Pomposo, Eulalio y José María y a la que se le unen personajes de la vida política del estado como : Agustín Ruiz de la Peña, Manuel Buelta, Justo Santa Anna, José Eusebio Magdonel, así como pequeños propietarios, comerciantes, militares de rango medio como los hermanos Zentella, un buen contingente de las "Milicias Cívicas", viejos liberales como José Víctor Jiménez, Manuel Zapata Zavala y Joaquín C. de Lanz.
Para abril el gobernador Gutiérrez amenazó con confiscar los bienes de las personas que apoyaran a los rebeldes federalistas, para entonces, la rebelión ya se había extendido para el distrito de la Sierra, con alzamientos en Teapa y Tacotalpa; las tropas de Gutiérrez atacaron ferozmente Jalapa, replegando a los federalistas a Tacotalpa.
[4] Fernando Nicolás Maldonado atacó la capital del estado en dos ocasiones, la primera el 29 de junio y la segunda a mediados de julio, llegando a ocupar algunos barrios, aunque sin poder tomarla, Gutiérrez sostuvo el sitio poco más de un mes logrando salvar la plaza por lo que los federalistas se retiraron.
[8] Juan Pablo de Anaya, se autonombró Gobernador provisional y convocó a la formación de una Junta Electorál Consultiva para que eligiera al nuevo gobernador del estado.
[10] Finalmente, el general José Ignacio Gutiérrez dejó el cargo, para ser candidato a Diputado por Guanajuato al Congreso de la Unión, siendo electo para el período 1850-1851.