[1] Dio su primer misa el 15 de agosto de 1896 en el pueblo de Atemajac, fue asignado en diferentes lugares para ofrecer su servicio, pero al final fue asignado en una capilla en Matatlán.
[2][3] Durante la Guerra Cristera un antiguo compañero a quien el Padre Flores había protegido, lo denunció ante el gobierno y fue apresado el 18 junio cuando se dirigía a un rancho para celebrar la Eucaristía, después fue encerrado en un lugar degradante donde fue atado y maltratado.
[4] El 21 de junio de 1927 fue trasladado durante la noche al cementerio de Zapotlanejo donde seria asesinado, intentaron ahorcarlo pero no pudieron, luego el jefe le ordeno a un soldado de que le disparara, pero el soldado, que reconoció al sacerdote que lo había bautizado, se negó a hacerlo, entonces se enfureció el jefe que asesino al soldado y disparo al Padre Flores, pero no le provocaron daño, por lo que uno de los soldados sacó un gran cuchillo y degolló al Padre Flores, donde finamente murió.
[5][6][7][8] Fue beatificado el 22 de noviembre de 1992 por Juan Pablo II junto con otros 24 mártires.
Fue canonizado el 22 de noviembre de 1992 por Juan Pablo II junto con otros 24 mártires.