Bautizado el mismo día de su nacimiento por su tío el padre José Antonio Ruíz y Castrillón; se desconoce si recibió formación académica, no obstante los registros históricos revelan que fue casi nula.
En censo levantado en el año de 1787, se describía a don José Joaquín como un hombre soltero, vivía en su casa paterna y tenía derecho, junto con sus hermanos, sobre una mina situada en el sitio conocido como San Miguel, en la cual había seis esclavos.
La negativa de ambos motivó al juez poblador a dirigir una carta al gobernador manifestando esta dificultad, que años atrás había sido zanjada haciendo los estudios sobre el perjuicio causado a los dos últimos, en los que se había dictaminado la plena viabilidad de la fundación.
Al año siguiente don José Joaquín, enterado del hallazgo, encomendó a su hermano José Pablo María y a Fernando Arias Bueno, explorar el territorio en compañía de un grupo de los primeros fundadores.
[3] Al terminar su vinculación con el distrito, Ruíz y Zapata se dedicó enteramente a la administración de sus negocios particulares.