Pero el presidente boliviano Andrés de Santa Cruz quiso imponer condiciones que Gómez Sánchez no quiso aceptar, y como Orbegoso deseaba urgentemente tal acuerdo, debió enviar un nuevo negociador, el general Anselmo Quiroz, quien acordó la intervención del ejército boliviano en suelo peruano (15 de junio de 1835).
Este episodio originó una guerra sangrienta que desembocó en el establecimiento de la Confederación Perú-Boliviana.
Luego fue vocal interino de la Corte Suprema (1843-1844), pero fue destituido al caer el gobierno vivanquista.
Volvió a la magistratura en 1867 y se mantuvo en ella hasta 1874, cuando obtuvo su jubilación.
Momentáneamente fue ministro de Hacienda, durante el tercer interinato del general Pedro Diez Canseco, su coterráneo (1868).