Nació en un pueblo llamado La Alberca que pertenecía al obispado de Coria.
Después estudió teología en el Seminario de la orden Dominicana y se graduó en 1760.
Ahí estuvo en total doce años trabajo con varios obispos, con los que quería implementar su Teología político caritativa.
Siete años más tarde fue elegido para el obispado de Quito y en 1790 partió hacia Sudamérica.
Fue elegido director de ella, aunque tuvo corta vida ya que el rey lo desautorizó un año después.
Por los cambios que había intentado impulsar tan rápidamente fue criticado, y presentó la renuncia al obispado en 1792, cerca del final de ese año.
Después de este hecho decidió regresar a Nueva España.
Pérez Calama dentro de su propuesta buscaba crear nuevas facultades a las que existía en la universidad escolástica tradicional, a saber: economía pública, política gubernamental y leyes patrias.
Según González Suárez, ningún obispo publicó tantos edictos como Pérez Calama.
Aquí, Pérez Calama enumera recomendaciones para aprender la gramática de estas dos lenguas enfocándose en la traducción antes que en las reglas.
La razón para estas dos lenguas se daba porque a juicio de Calama para poder hablar bien castellano era necesario saber latín.