Era don Gil tratante de ganado lanar merino, trabajo que le obligaba a realizar frecuentes viajes a Extremadura, en uno de cuyos viajes cayó gravemente enfermo y falleció (el 30 de diciembre de 1735), quedando José Antonio huérfano de padre cuando aún era un niño.
José Antonio pasó su juventud en Valladolid, donde estudió Filosofía y Derecho Canónico, inclinando su formación hacia la Jurisprudencia y posteriormente a los Sagrados Cánones.
En Valladolid ingresó en el colegio mayor de Santa Cruz en Beca canonista el año 1751, obteniendo la Doctoral de Zamora en 1757.
Tras el levantamiento del 2 de mayo de 1808, dejó la diócesis para retirarse a Villa del Prado (Madrid), donde se encontraba en 1809, pasando más tarde a Cádiz, donde se refugió en el oratorio de la Santa Cueva, edificado a expensas de José Sáenz de Santa María, marqués de Valde-Iñigo.
Establecido temporalmente en Cádiz, prestó servicio a la patria desde su doctrina, llegando a solicitar a las Cortes Generales en dos ocasiones el restablecimiento del Tribunal de la Inquisición.