Transferido al barco Princesa realizó un crucero de entrenamiento a Canarias para luego pasar en la fragata Lucía con la que navegó por el Atlántico y el Mediterráneo.
Sometido al Consejo de Guerra, fue absuelto de todos los cargos y se embarcó en la fragata Industria y luego en la del Rosario, con la que regresó a Cádiz.
[6] Cuando las fuerzas angloespañolas evacuaron Tolón, el buque transportó a exiliados monárquicos franceses que se refugiaron en el arsenal, y llegaron a las islas Hyères donde se reunió con el resto del equipo, llegando así al puerto de Mahón (Baleares) y luego a Cartagena.
[6] Cuando se declaró la guerra con Gran Bretaña, en diciembre de 1797 tomó el mando del buque San Fernando, buque bandera del Jefe de Escuadra Pedro Luis Obregón y Ceballos, convirtiéndose en Jefe de Estado Mayor del equipo naval.
El contralmirante Linois instó a[13] los españoles, a través de su subordinado Pierre Dumanoir le Pelley, para enviar refuerzos, que le permitieran repararse en Cádiz, y desde ese mismo puerto zarparon por orden del almirante de Mazarredo una formación naval al mando del teniente general Moreno, compuesta por cinco buques españoles y un francés, el Saint Antoine al mando del comodoro Julien Le Ray, y por una fragata española y varios barcos franceses menores.
Los dos almirantes, siguiendo las nuevas instrucciones dadas por el almirantazgo español,[13] transbordaron en la fragata Sabine, y Moreno, preocupado por llegar cuanto antes a Cádiz, envió al Aníbal de regreso a Algeciras.
[15] En la noche del 12 al 13 de julio se produjo un nuevo enfrentamiento, ya que Saumarez había dejado libres sus naves para quebrar la formación y perseguir la retaguardia enemiga,[17] el buque Superb, bajo el mando del capitán Richard Goodwin Keats, logró acercarse a los tres buques de retaguardia.
La embarcación San Hermenegildo aprovechó este hecho y, contrariamente a las estrictas órdenes de Moreno, atacó ciegamente al Real Carlos.
El ataque tuvo una respuesta inmediata y los dos barcos españoles comenzaron a disparar andanadas tras andanadas[17] que terminaron cuando el Real Carlos, ahora en medio de un incendio incontrolable, se desvió y chocó con el San Hermenegildo.
Este último permaneció irremediablemente unido al Real Carlos y fue inmediatamente presa de grandes incendios.
Ya a las 0:15 horas el Real Carlos estalló y se hundió, seguido poco después por el San Hermenegildo.