Con la victoria, y al igual que Ignacio Allende, creyó conveniente avanzar con sus tropas hacia la capital.
Marchó junto con los otros insurgentes hacia el norte del país, proponiendo ir a Estados Unidos con el fin de enviar elementos de guerra.
Aldama permaneció junto a Allende durante toda la campaña hasta que fue hecho preso en Acatita de Baján junto a los demás insurgentes.
Fue uno de los exceptuados por el indulto del virrey, que había puesto precio a su cabeza.
Conducido a Chihuahua, fue juzgado y condenado a la pena capital, siendo fusilado en compañía de Allende, Mariano Jiménez y Manuel de Santa María.