En 1955 el presidente general Gustavo Rojas Pinilla lo envió como agregado militar a Estados Unidos.
[15] En mayo de 1957 el general Rojas renunció a la presidencia y lo reemplazó una Junta Militar.
La Junta Militar pide al vicealmirante su reintegro y lo nombra Comandante en jefe de las Fuerzas Militares.
Pizarro García conoció a Margot Leongómez en Cartagena, cuando era capitán de corbeta asignado en esa ciudad.
La pareja tuvo cinco hijos (5)ː Juan Antonio, Eduardo, Carlos, Hernando y Margot Clemencia Pizarro Leongómez.
[18] La historia de José Acevedo y Gómez la escucharon los hijos muchas veces repetida con orgullo por la madre.
Juan Antonio Pizarro y Eduardo Pizarro militaron en la Juventud comunista JUCO, mientras Carlos Pizarro se vinculó muy pronto como guerrillero a las FARC, y luego desertó en 1973, y fue uno de los fundadores del Movimiento 19 de abril (M-19) en 1974, al cual se vinculó también como guerrillera su hermana Margot Clemencia, llamada Nina.