Hasta en tres ocasiones le tocó ocupar plaza de primer entrenador en el banquillo nervionense.
En la temporada 1997-1998, con el Sevilla inmerso en 2.ª división, Juan Carlos vuelve a ser llamado para ocupar nuevamente el banquillo.
Había comenzado el campeonato Julián Rubio, a su vez sustituido por Vicente Miera, y Juan Carlos Álvarez actuaba de segundo con el ex-seleccionador.
Como el asturiano tampoco mejoraba el rendimiento del equipo y al final el Sevilla se quedó en Segunda, ocupándose el 7.º lugar en la clasificación.
En la temporada 1999-2000, Juan Carlos es llamado por tercera vez para ocupar el banquillo de Nervión, En esta ocasión el Sevilla estaba en 1.ª división, y el objetivo marcado era la permanencia.