Dejó el club ya que intenta ser fichado por otros equipos en otras categorías.
En su segundo temporada empezó a perder la titularidad, lo que provocó su salida.
Su debut en la categoría se produjo en la temporada 2014-15 en el Santiago Bernabeú frente al Real Madrid, quedando por un 2-0 para los blancos.
Dos semanas después renueva su contrato por dos años más en el club.
Tras volver a la Segunda División Española con el Córdoba CF, vuelve a formar parte de la plantilla del Rayo Vallecano, en teoría compitiendo con David Cobeño para ser el segundo portero, en ambos casos por detrás de un Toño Martínez que el año anterior logró hacerse con la titularidad indiscutible de la portería vallecana siendo uno de los pilares del Rayo.
Tras este partido Toño vuelve a ser titular y Juan Carlos vuelve a tener que ver al Rayo desde el banquillo o la grada hasta que en la jornada 11 tiene que volver a sustituir bajo palos a Toño en Vallecas en los últimos compases del partido contra el Granada por la gravísima lesión de rodilla sufrida por el 25 rayista.