Juan Carlos Muñoz Márquez (León de los Aldama, Guanajuato, 30 de noviembre de 1969) es un político mexicano, miembro del Partido Acción Nacional.
Ha sido en dos ocasiones diputado federal y en una diputado al Congreso de Guanajuato.
Además, de 2008 a 2012 fue presidente del Fideicomiso Expo Bicentenario México 2010.
Al término de dicho cargo, fue a su vez electo diputado a la LXIII Legislatura del Congreso del Estado de Guanajuato para el periodo de 2015 a 2018 y en que encabezó la comisión de Gobernación y Puntos Constitucionales y fue vocal de las comisiones de Seguridad Pública y Comunicaciones; y, Hacienda y Fiscalización.
En 2018 por segunda ocasión fue elegido diputado federal, en esta ocasión de la LXIV Legislatura y en que la que fungió como secretario de la comisión de Comunicaciones y Transportes, y como integrante de la comisión de Economía, Comercio y Competitividad; y de Presupuesto y Cuenta Pública.