Así, tras un viaje a Ginebra con Matthieu Budé (un hebraísta, tercer hijo del famoso impresor y humanista Guillaume Budé) y Jean Crespin para estudiar la reforma con el mismo Jean Cauvin (Calvino), se convirtió a la fe evangélica.
En Neuburg Juan Díaz recibió la visita de su hermano Alfonso, quien intentó disuadirlo en vano.
Juan Díaz, que ya estaba durmiendo, abrió la puerta, y el sirviente golpeó varias veces a Juan con un hacha, de forma que murió por las graves heridas inferidas en cabeza y brazos.
Hubo una disputa sobre la jurisdicción y el conde del Palatinado Otto Heinrich exigió la extradición de los asesinos, pero Alfonso Díaz alegó que había actuado al servicio del emperador y, por tanto, no podía ser juzgado; el caso es que ambos asesinos, promotor y autor, fueron exonerados.
Los protestantes tomaron el hecho como pretexto para no participar en el Concilio de Trento, aludiendo a cómo habían sido pisoteados sus derechos.
Así pues, él escribió y publicó la Historia vera de morte sancti viri Ioannis Diazii Hispani, que se tradujo tardíamente al español (Madrid, 1865) y, extractada, al inglés por John E. Longhurst en 1964.