En 1608, a la edad de catorce años, empezó sus estudios en la Universidad de Jena acompañado por sus hermanos menores, Guillermo y Federico.
Mientras se hallaba en la universidad, su tutor nombró un compañero y supervisor sobre los tres príncipes, quien más tarde se convertiría en el mariscal de campo Kaspar de Teutleben y el preceptor Federico Hortleder.
Durante su gobierno, Juan Ernesto promovió las reformas de Wolfgang Ratke en Köthen.
Como castigo, perdió sus territorios y la tutela de sus hermanos.
Más tarde, tomó una comisión como teniente general de la caballería danesa y luchó en la Guerra de los Treinta Años en Westfalia y Baja Sajonia.