Se le atribuyen cuatro canciones, un gloria y tres motetes.
Por su parte, Higinio Anglés, Stevenson e Isabel Pope lo asocian con un cantor de la Capilla Real Aragonesa, del mismo nombre, que ejerció en esa institución entre los años 1479 y 1482.
Reparte su repertorio entre obras en castellano y latín que se encuentran en diferentes documentos de finales del siglo xv e inicio del xvi.
En el Cancionero Musical de Palacio aparecen cuatro canciones adscritas a Juan Fernández de Madrid que según Romeu Figueras pertenecen a la primera parte de dicho cancionero, copiada aproximadamente en el año 1500: Sus motetes están repartidos en dos fuentes diferentes.
En cuanto a la temática, todas tratan el amor cortés, excepto Por las gracias que tenéis, que como se ha mencionado puede ser un homenaje a la virgen.