Al fallecer el padre en 1803, toda la familia se trasladó a la península ibérica, instalándose en el puerto de Cádiz, en 1803.
Los tres hermanos se naturalizaron españoles, y con el propósito de reclamar una herencia, pasaron al Virreinato del Perú en 1805.
Su madre falleció en 1810, pero los hermanos Paillardelli no pudieron heredar ya que la Real Audiencia de Lima les negó tal derecho, por ser extranjeros.
Al día siguiente Juan Francisco Paillardelli partió hacia el campamento de Belgrano, con la buena nueva del éxito logrado en Tacna.
Durante las guerras civiles de los inicios republicanos, mantuvo una prudente actuación, manteniéndose leal a los gobiernos legítimamente establecidos.