Pertenecía al famoso linaje de los Gamboa.
En junio los franceses abandonaron su empeño de entrar en Castilla.
Esta acción fue vital para evitar la intervención francesa en la guerra civil castellana y favoreció la victoria final de los futuros Reyes Católicos.
Los Reyes Católicos tuvieron en mucha consideración a Juan de Gamboa y fue nombrado entre otros cargos caballerizo mayor de los Reyes Católicos y miembro del Consejo del Reino, así como capitán general de Guipúzcoa.
Falleció en 1498 y fue enterrado precisamente en la localidad fronteriza de Irún.