Juan III, señor de Mecklemburgo (después de 1266 - 27 de mayo de 1289 en Poel) fue cogobernante de Mecklemburgo desde 1287 hasta su muerte.
Fue el hijo de Enrique I y su esposa Anastasia de Pomerania.
Desde 1287 a 1289, gobernó Mecklemburgo junto con su hermano mayor Enrique II, bajo la regencia de su tío Nicolás III.
Juan III se ahogó frente a la isla de Poel el 27 de mayo de 1289 y fue enterrado en el monasterio franciscano en Wismar.
Juan y Elena tuvo una hija: