[2] En el año 2012, el Ministerio de Educación le otorgó las Palmas Magisteriales en el Grado de Amauta por su contribución a la educación, la ciencia y la cultura del Perú.
[4][5] Ese mismo año, Juan Incháustegui se inscribe como militante del partido Acción Popular.
Durante la carrera electoral, Incháustegui compitió contra el empresario Ricardo Belmont, candidato del Movimiento OBRAS, quien luego terminó venciendo a Incháustegui con la mayoría de votos.
Para las elecciones generales del año 1995, Incháustegui fue candidato a la primera vicepresidencia en la plancha presidencial de Raúl Diez Canseco por Acción Popular.
[9][10][11] Permaneció en el cargo hasta el 18 de enero del 2001, donde luego asumió el Ministerio de Industria, Turismo, Integración y Negociaciones Comerciales Internacionales en intercambio con el también ministro Emilio Navarro Castañeda.