Juan Iriarte empezó en 1998 su carrera a nivel profesional con Universitario de Deportes que ese año, bajo las órdenes del técnico argentino Osvaldo Piazza, promocionó varios juveniles.
Iriarte llegó al Deportivo Municipal en el año 2005 proviente del Olímpico Somos Perú donde ya había sido figura.
De la mano del técnico Manuel Rodríguez, Juan logra hacerse titular por la banda derecha.
En el 2007 a pesar del descenso sufrido por el municipal, Juan Iriarte logró el mejor desempeño de su carrera.
Incluso logró marcar en las victorias sobre Universitario y Sporting Cristal, ensayando su conocida "jugada indescifrable".