Johann era un hijo menor del duque Juan Adolfo de Holstein-Gottorp y el sobrino del anterior príncipe-obispo Johann Friedrich , a quien sucedió en 1634.
Trató de atraer académicos y científicos a su corte y promover el desarrollo económico del príncipe-obispado; Sin embargo, sus esfuerzos se hicieron más difíciles por el estallido de la peste en 1638 y 1639, mientras que al mismo tiempo la Guerra de los Treinta Años impuso más cargas al país.
También lo fueron en su capital Eutin ambos 1638/39 y 1643 danesas tropas en cuartos, y en diciembre de 1643 un sueco de caballería - regimiento que tuvo que ser suministrada desde la tierra.
El matrimonio, que produjo cuatro hijos, fue extremadamente infeliz.
Así que, Johann en 1648 buscó un divorcio, él podría finalmente llegar a la 1653.