Fue el quinto hijo y el tercer varón del duque Adolfo Federico I de Mecklemburgo de su primer matrimonio con Ana María, hija del conde Enno III de Frisia Oriental, nacido y criado en la familia más numerosa, que la Casa de Mecklemburgo ha experimentado (su padre tuvo 19 hijos en dos matrimonios).
Pasó su infancia junto con su hermana Ana María durante el exilio del padre en la corte de la viuda del elector sajón Eduviges de Dinamarca en el castillo de Lichtenburg en Prettin.
Bajo el apodo "la ruptura", Juan Jorge era miembro de la sociedad fructífera de Weimar, el grupo literario más grande del barroco.
Como sucesor del padre, su hermano mayor, Cristián Luis I, se convirtió en duque gobernante de la región de Mecklemburgo-Schwerin en 1658.
Su medio hermano más joven, Adolfo Federico, ganó la tercera división del estado de Mecklemburgo y en 1701 como Adolfo Federico II de Mecklemburgo-Strelitz .