En la temporada 2000/2001 dio el salto al Real Zaragoza B, donde continuó actuando como carrilero por la banda izquierda, y fue la estrella del equipo, despertando el interés de numerosos clubes de Primera división.
No obstante, finalmente comenzó la temporada 2001/2002 nuevamente con el Real Zaragoza B para seguir jugando con asiduidad.
García Granero empezó a un gran nivel para después diluirse como el resto del equipo.
Y por fin, la temporada 2004/2005, con Víctor Muñoz como técnico, dio el salto al primer equipo del Real Zaragoza.
Allí volvió a mostrar un rendimiento irregular, aunque fue el interior izquierdo titular durante toda la temporada.
Al finalizar el año, para la temporada 2007/2008 contó con una oferta del Huesca, de Segunda división B, para luchar por el ascenso -que se terminó produciendo-, pero Juanjo prefirió irse al Ionikos, conjunto de la Segunda división griega.
Como jugador, destaca por su gran calidad técnica, especialmente por su capacidad de desborde y precisión en los centros desde la banda.