Juan José de Bonilla y Herdocia fue un político costarricense, firmante del Acta de Independencia de Costa Rica.
Sus padres fueron Félix de Bonilla y Pacheco y Rafaela Herdocia Fernández de la Pastora.
Casó el 28 de noviembre de 1816 en Cartago con María Teodora Ulloa Soto; hija de Félix de Alvarado y Pacheco y María Marcela Ulloa y Soto, y hermana de Nicolás Ulloa Soto, jefe de Estado electo en 1835.
Fue miembro de la Junta Superior Gubernativa presidida por José Santos Lombardo y Alvarado (enero-marzo de 1823) y miembro suplente de la Diputación de Costa Rica presidida por Rafael Francisco Osejo, que fue derrocada por el golpe monárquico del 29 de marzo de 1823.
Fue un hombre muy acaudalado, que efectuó varios viajes al exterior y poseyó valiosas haciendas en Guanacaste.